Bien que figurant dans l'exposé des motifs où il est explicitement indiqué que l'office est chargé, en sus des missions actuelles du Conseil supérieur de la pêche, le CSP, « notamment en matière de connaissance et de surveillance des milieux aquatiques, d'assurer des missions de l'Etat en matière d'études et recherches de portée générale, d'expertise, de connaissance et d'évaluation », le terme « connaissance » n'est pas repris par le projet de loi.
Il s'agit pourtant d'une mission essentielle du CSP, qui doit être prise en compte dans la structure du futur Office national de l'eau et des milieux aquatiques.