Le texte actuel limite le champ d'intervention des agences de l'eau à la régulation des phénomènes de crue, c'est-à-dire au contrôle et à la réduction de l'aléa.
Or les politiques nationales, engagées notamment par la loi relative à la prévention des risques technologiques et naturels et à la réparation des dommages du 30 juillet 2003, incitent à travailler à la fois sur la maîtrise de l'aléa « crue » et sur la réduction de la vulnérabilité aux inondations. Il est important que cet équilibre se retrouve également dans les missions de l'agence de l'eau.