Le développement des transports doit se faire dans le respect des objectifs environnementaux et de développement durable, en particulier de ceux qui concernent l'eau.
Sur certains sites encore peu aménagés, comme l'estuaire de la Gironde, un développement du transport fluvial massifié ne pourra pas se faire sans dommage sur l'environnement, notamment sur les milieux aquatiques et la biodiversité – creusement du chenal, approfondissement du lit, modification des débits et des frayères Il ne faut pas remettre en cause les enjeux de la biodiversité par un développement mal adapté des ports et transports fluviaux.