L'avis donné par la commission de contrôle au directeur de l'agence régionale de santé, avant que celui-ci ne prenne une décision de sanction, doit avoir été pris dans des conditions respectueuses des droits de la défense et du principe du contradictoire. Les règles de composition et de fonctionnement de cette commission, devant laquelle les établissements devraient être invités à présenter oralement leurs observations, doivent y contribuer.
Il est donc indispensable, d'une part, d'inviter les représentants des établissements de santé à faire partie de cette commission, qui de paritaire deviendrait alors tripartite, et, d'autre part, que l'avis rendu par cette commission soit notifié à l'établissement de santé encourant une sanction financière.
Enfin, les établissements de santé confrontés à des difficultés d'interprétation des règles de codage et de facturation doivent obtenir une réponse à l'échelon régional, afin d’éviter la multiplication des contentieux devant les tribunaux des affaires de sécurité sociale et les juridictions administratives.