Une discussion s'est ensuite instaurée sur les modalités d'indemnisation des cultivateurs biologiques en cas d'aménagement foncier. M. Jean-Paul Emorine, président, a rappelé que, si la loi d'orientation agricole avait donné compétence aux conseils généraux pour l'aménagement foncier des zones rurales, elle n'avait pas pour autant prévu qu'ils devraient payer une soulte aux propriétaires dont les terres subiraient un changement d'affectation. Soulignant que le projet de loi précisait explicitement que cette charge leur reviendrait, M. Gérard Bailly a dit sa crainte que les conseils généraux ne délaissent de ce fait l'aménagement foncier. Mme Chantal Jouanno a fait valoir que la conversion à l'agriculture biologique était longue et risquée pour l'exploitant et que ce dernier, dont les terres avaient davantage de valeur que celles sur lesquelles est pratiquée une agriculture conventionnelle, se trouvait pénalisé si une opération d'aménagement foncier l'en privait. Justifiant ainsi son indemnisation nécessaire, elle a estimé que celle-ci ne concernerait sans doute que peu de cas.
Alors que M. Jean-Paul Emorine, président, a jugé difficile de réaliser des estimations sur ce point, M. Gérard Bailly a fait observer qu'un nombre relativement important de cas se présenteraient dans les années à venir, compte tenu de l'objectif ambitieux de 20 % des surfaces agricoles en exploitation biologique d'ici 2020. Jugeant qu'il serait inéquitable de faire peser le financement de la soulte sur des départements s'étant engagés pour favoriser le passage à l'agriculture biologique, M. Benoît Huré a suggéré la mise en oeuvre d'une solution globale avec la création d'un fonds d'indemnisation assurant une mutualisation des financements. M. Bruno Sido, rapporteur, a estimé que seul le maître d'ouvrage, c'est-à-dire les conseils généraux en l'occurrence, devrait assumer la charge de cette soulte, quitte à se retourner vers l'Etat pour assurer son financement.