A l'article 54 (coordinations liées à l'institution de l'assignation à résidence avec surveillance électronique), la commission a prévu, à l'initiative de M. Jean-Paul Garraud, rapporteur pour l'Assemblée nationale, et M. Jean-René Lecerf, rapporteur pour le Sénat, que le placement à l'isolement judiciaire ne devait pas affecter l'exercice des droits des personnes détenues, sous réserve des aménagements qu'impose la sécurité. Outre une modification formelle, elle a également précisé que les modalités d'application de cet article devaient être définies par un décret en Conseil d'Etat, à l'image des modalités d'application de l'article 53 bis sur l'isolement administratif.