En ce domaine, M. Jacques Pélissard s'est dit favorable à une péréquation verticale plutôt qu'horizontale. En effet, au sein des régions globalement pauvres, la péréquation horizontale ne permet pas de disposer des moyens financiers nécessaires pour améliorer le sort des collectivités les plus en difficulté. Par ailleurs, il revient à l'Etat, grâce à l'outil que constitue la dotation globale de fonctionnement, de mettre en oeuvre cette péréquation. Enfin, le mécanisme de péréquation que sont les FDPTP doit être conservé.