L'Agence a en effet obtenu ce label de l'Association européenne mais celle-ci lui a reproché son cloisonnement. En réalité la loi a prévu que l'AERES se compose de trois sections : établissements, formations, unités de recherche. Chacune est animée par un directeur, assisté de délégués scientifiques qui préparent le travail des comités d'experts eux-mêmes issus d'un vivier de milliers d'experts. Il faut veiller à ce que la section des établissements communique bien avec les deux autres sections. C'est une question de capacité managériale... Le risque est en effet de ne pas les faire travailler ensemble. La notion d'évaluation intégrée - caractéristique de cette Agence qui prend en compte à la fois la formation et la recherche - manque un peu de contenu.
L'Association européenne a également regretté le rythme de l'évaluation quinquennale ; ceux qui ont été évalués en 2008 ne le seront plus avant cinq ans alors que, après trois ans, ils ont pu changer. Les évaluateurs européens ont donc critiqué ce long tunnel de cinq ans. C'est pourquoi je suis partisan d'une « auto-évaluation annuelle simplifiée ». Le processus de la Vague B qui concerne l'Est et le Sud de la France est enclenché.
La coexistence d'universités et de grandes écoles est une particularité française : aux États-Unis, par exemple, les universités contiennent, en leur sein, des écoles d'ingénieurs. Vu de Sirius ou de Shanghai, notre dispositif est peu lisible et nuit à notre attractivité internationale. Il est possible de favoriser convergences et synergies, comme l'a montré le rapport Philip ou celui du député Jardé, sur le projet de loi de finances pour 2010. L'Agence a un rôle à jouer dans la co-diplomation ou la mise en valeur des expériences de rapprochement positives. Si nous parvenons à rassembler ce qui est éparpillé sans perdre la valeur ajoutée de chacun des deux bords, nous aurons fait oeuvre utile pour notre attractivité sur la scène internationale.