Rappelant que le projet d'établissement fixe comme objectif d'« améliorer l'efficience et la qualité, notamment en termes de délais et de transparence, des actions et des services », Mme Anne-Marie Payet, rapporteur, s'est interrogée sur les risques que peut entraîner une mise sur le marché trop rapide de médicaments si les délais de traitement des demandes d'AMM sont réduits de manière trop importante. Elle a demandé à cet égard si le délai de cent jours, à échéance 2008, fixé par le document budgétaire de la mission « Sécurité sanitaire », lui semble suffisant pour ce type de procédure.
Concernant l'objectif de transparence, elle a demandé si l'Afssaps applique la réglementation européenne de la directive de 2004 sur la publicité des débats et des votes des commissions.
Le professeur François Chollet a estimé que la réduction des délais constitue un élément majeur de la crédibilité de l'agence dans ses rapports avec l'industrie pharmaceutique. Cette réduction ne porte en aucun cas sur le temps de l'expertise mais sur les procédures administratives. Par ailleurs, la mise en oeuvre de la directive de 2004 ne peut se faire qu'en coordination avec l'ensemble des pays européens et il faut chercher à concilier l'objectif de transparence avec la préservation de la confidentialité pour certains produits, notamment avant que l'AMM ne soit délivrée.