Après avoir constaté que les appréciations de la Cour rejoignent les observations récurrentes que la commission formule dans ses rapports, M. Alain Vasselle a considéré qu'il est paradoxal que le projet de loi de financement de la sécurité sociale soit approuvé chaque année par des parlementaires dont certains nourrissent des doutes sur la sincérité des prévisions financières sur la base desquelles ce texte est élaboré. S'exprimant à nouveau à titre personnel, il a considéré que, compte tenu de l'ampleur des réserves qu'elle a formulées, la Cour des comptes pourrait même être taxée d'indulgence excessive, en certifiant néanmoins les comptes de l'Etat. Tirant toutes les conclusions de cet exercice nouveau en France, il s'est demandé quelles pourraient être les conséquences d'une absence de certification : n'est-il pas illusoire d'imaginer que la puissance publique change d'attitude en l'absence de sanction effective ?
En ce qui concerne le Ffipsa, il s'est interrogé sur le fait que le ministère des finances cherche à s'affranchir de sa responsabilité d'équilibrer les comptes du régime agricole.
S'agissant du FSV, il a souhaité savoir si la Cour n'aurait pas récemment procédé à une sorte de « revirement de jurisprudence ». En effet, interrogée sur ce point par la commission des affaires sociales en 2004, la Cour des comptes avait clairement imputé à l'Etat l'obligation de pourvoir à l'équilibre du FSV. Cette interprétation avait ensuite été confirmée par le rapport de la Cour de septembre 2005 sur la sécurité sociale. Or, dans son rapport de certification des comptes de la sécurité sociale, la Cour rapporte qu'« à l'occasion de l'établissement de son bilan d'ouverture au 1er janvier 2006, l'Etat a estimé qu'il ne contrôlait pas le FSV au sens des dispositions de la norme applicable à ses immobilisations financières (norme comptable de l'Etat n° 7) », et elle se range à cette position qu'elle qualifie de « justifiée par la raison que cet établissement public a, de facto, le caractère d'un démembrement institutionnel des régimes de sécurité sociale dont il assure une partie du financement ». Quelle est donc désormais l'opinion de la Cour sur la responsabilité de garantir l'équilibre du fonds ?
Il s'est également demandé si l'inclusion du FSV dans le périmètre comptable de la sécurité sociale, et notamment de la Cnav, n'est pas un facteur de confusion alors que le dispositif instauré en 1993 visait à séparer clairement ce qui relève du contributif de ce qui relève de la solidarité. Enfin, il a souhaité savoir si la Cour juge réaliste la mise en oeuvre d'un parcours de désendettement de ce fonds reposant exclusivement sur un retour à l'équilibre, suivi de l'apparition d'excédents au cours des prochains exercices.