Pour les projets de petite dimension, on s'oriente vers une forfaitisation des frais généraux. Par ailleurs, il faudrait mettre en place des règles plus adéquates pour les avances. Actuellement, l'Union européenne verse une avance à l'État, mais celui la reverse en fonction de ses propres contraintes de trésorerie, parfois deux ans après. Ce mode de fonctionnement n'est plus admissible. Il faut que l'avance soit versée au fur et à mesure du déroulement du projet.
En ce qui concerne la concentration thématique, la Commission européenne propose de déterminer une quinzaine de thèmes, parmi lesquels chaque région sera invitée à en choisir trois ou quatre. Cela risque effectivement de poser problème pour certaines régions qui auront une multiplicité de projets dans des domaines différents. De surcroît, la Commission souhaite que les thèmes soient choisis en cohérence avec les priorités de la stratégie « Europe 2020 ». A force de concentrer les thèmes, on risque d'avoir des difficultés à consommer les fonds structurels.