Les trois axes d'amélioration depuis les observations de la Cour des comptes sont la gestion de la paie, le système comptable et le système informatique. Il demeure difficile de mesurer exactement les économies réalisées mais on peut donner quelques indications. L'agence comptable centralisée a été créée le 1er janvier 2011, le personnel affecté à ces fonctions a de ce fait été divisé par deux, passant de douze à six. C'est un progrès, même si cela reste peu au regard d'un effectif total de 800 emplois. Sur la partie paie et ressources humaines, il n'y a pas eu de baisse d'ETP, mais le service rendu a été renforcé.
En outre, un schéma directeur est en cours de réalisation pour les réseaux informatiques. Les résultats de ce travail, entrepris il y a cinq ans, sont attendus en fin d'année afin de prendre les décisions nécessaires.
Le prochain contrat d'objectifs des PNF doit prévoir l'examen des différentes formes de mutualisation possibles, non seulement avec les parcs nationaux, mais aussi avec d'autres structures comme l'Office nationale de la chasse et de la faune sauvage (ONCFS) ou encore le Conservatoire du littoral.
L'effort de mutualisation va se porter aussi au niveau européen, ambition partagée avec les parcs régionaux, sur des domaines comme l'agriculture. Sur ce dernier point, les parcs nationaux ont démontré un réel dynamisme pour la mise en oeuvre des mesures agro-environnementales (MAE), comme en matière de gestion forestière et de tourisme, tout en se montrant attentifs à la protection de la nature.
A ce titre, il faut noter les conséquences favorables à l'emploi de l'élargissement du périmètre des parcs nationaux, à la suite de la loi de 2006 - celui-ci passant de 370 000 à 2,1 millions d'hectares, en intégrant les aires d'adhésion mais sans prendre en compte les nouveaux parcs nationaux. En effet, à un emploi créé et préservé dans un parc sont liés dix autres emplois pour la protection de la nature.
Enfin, pour améliorer la connaissance du patrimoine naturel, paysager et culturel des parcs nationaux, un observatoire a été mis en place. Dans le cadre du nouveau contrat d'objectifs, PNF va s'attacher à développer des indicateurs sur l'évolution de ce patrimoine. A cet égard, en tant que réservoirs de la biodiversité, les parcs nationaux assurent la conservation des espèces, le cas litigieux des bouquetins des Pyrénées mis à part ; pour autant, il s'agit d'un travail de long terme qui implique, par exemple, d'affiner la connaissance des habitats naturels.
Une amélioration des procédures comptables et financières a été engagée. Ainsi, en 2011, ont été mis en oeuvre une harmonisation des comptabilités des parcs nationaux grâce à un progiciel commun, un contrôle des régies de recettes et d'avances pour l'ensemble des parcs nationaux, une comptabilité de droits constatés, et un contrôle interne pour chaque établissement. Un contrôle hiérarchisé de la dépense a été institué dans huit établissements sur dix. Un plan d'action a été élaboré à la suite des recommandations formulées par la Cour des comptes et des audits réalisés par la direction générale des finances publiques (DGFiP), tandis que la présentation des comptes financiers a été révisée. Un tableau de bord trimestriel de la situation financière et des effectifs a été établi. Les efforts réalisés par l'agent comptable de « Parcs nationaux de France » pour la réalisation de ces évolutions sont à souligner.