Pour ce qui est de l'efficience, il y a certes eu une augmentation des moyens de 53%, mais celle-ci doit être mise en perspective avec l'évolution du périmètre des parcs nationaux. En effet, le travail des parcs porte désormais en grande partie sur les zones d'adhésion, et de nouveaux parcs ont été créés alors que trois projets de création sont actuellement traités, dont celui des Calanques.
La hausse des moyens ne doit pas seulement être rapportée à l'augmentation de la superficie du coeur des parcs. Si la protection des espèces reste constante, il faut cependant considérer les efforts faits en direction du développement économique. De plus, la protection de la biodiversité ne saurait être mesurée à l'aide d'un indicateur annuel. Il est nécessaire de travailler sur des indicateurs de résultat plus larges que ceux existants aujourd'hui.
Le ministère adopte progressivement une culture du pilotage. Au niveau national, notre directeur général a mis en place l'ensemble des instruments préconisés par la circulaire du Premier ministre de 2010, soit la conclusion de contrats d'objectifs entre les établissements et le Ministre, la remise de lettres d'objectifs pluriannuelles aux directeurs lors de leur nomination, de lettres d'objectifs annuelles accompagnées d'une évaluation, et l'organisation de rendez-vous budgétaires annuels avec les directions. Les lettres d'objectifs adressées aux directeurs des parcs intègrent les recommandations formulées par la Cour des comptes.
Au quotidien, la tutelle est assurée par un commissaire du gouvernement issu de l'administration déconcentrée. Mais, avant chaque conseil d'administration, un échange est prévu avec la direction générale et les services du préfet afin de préciser ce qui peut être demandé aux établissements. Enfin, deux fois par an se tient une réunion plénière des directeurs, et des lettres de cadrage sont transmises à chaque parc.
Les évolutions comptables, et notamment la mise en place d'un tableau de trésorerie depuis cette année, permettent d'ajuster les dotations en subventions aux parcs aux besoins de trésorerie, et d'identifier les dysfonctionnements comptables, puis de les corriger. Ainsi, il sera procédé à une correction des erreurs qui ont pu être commises par le passé en ce qui concerne les indemnités de logement et les logements de fonction.