Les effectifs ont connu un accroissement notable depuis 2005 pour arriver aux 800 personnels actuels. En effet, le nombre d'agents en fonction dans les seuls anciens parcs nationaux est passé de 500 en 2005 à 600 en 2010. Pourtant, le coefficient de progression des effectifs entre 2005 et 2010 est sans commune mesure avec le coefficient d'évolution de la superficie des parcs. La création des parcs nationaux de Guyane, de La Réunion et de « Parcs nationaux de France », de même que les missions d'étude qui leur sont liées, ont nécessité 220 emplois supplémentaires. Ces augmentations d'effectifs sont justifiées par le rôle majeur joué par les parcs nationaux de Guyane et de La Réunion. A cet égard, le parc de La Réunion occupe près de 40 % du territoire départemental, ce qui a justifié l'obtention du label « Patrimoine mondial de l'humanité » ; il en va de même du parc de Guyane.
La progression de la masse salariale a quant à elle été justifiée par une évolution du taux de la contribution au compte d'affectation spéciale (CAS) « Pensions ».
Afin de garantir l'efficacité du pilotage, une lettre d'objectifs annuelle, différente de celle envoyée par PNF, est remise à chaque établissement et chaque directeur, et vise notamment à identifier les efforts de mutualisation à conduire, de même que les fermetures d'activités-support au sein des parcs nationaux pour les rétablir au sein de PNF.