En réponse, M. François Goulard a tout d'abord indiqué que l'AERES n'était pas encore formellement créée, le décret devant être publié d'ici à la fin du mois d'octobre. Il a détaillé la composition du conseil d'administration et souligné l'importance de celle-ci, tout comme celle de la personnalité de son président. Il a ajouté que les critères d'évaluation seraient variables selon les disciplines, les sciences appliquées ne pouvant pas être évaluées de la même façon que les sciences fondamentales. Il a également précisé que les établissements, les équipes de recherche et les formations supérieures seraient évaluées par les sections différentes des trois collèges de l'agence. Il a ajouté que celle-ci simplifiait le paysage de l'évaluation en se substituant au Conseil national d'évaluation (CNE), au Conseil national des universités (CNU) et au Comité national d'évaluation de la recherche (CNER).
S'agissant du CNRS, M. François Goulard a estimé que les difficultés qu'avait connues l'établissement de Paris étaient désormais réglées avec la nomination de nouveaux dirigeants et l'évolution des statuts du CNRS permettant, aujourd'hui, d'assurer la prééminence du président sur le directeur général. Il a toutefois observé qu'une réflexion devait être engagée afin de clarifier les missions du centre, « leadership » dans certains domaines scientifiques, agence de moyens dans d'autres. Il a enfin précisé qu'il n'y aurait pas décalage entre les autorisations d'engagement et les crédits de paiement.
En ce qui concerne l'Institut Pasteur, M. François Goulard a observé que si l'effort de valorisation de la recherche pouvait être amélioré, la fondation avait d'ores et déjà une action satisfaisante dans ce domaine, comparée à d'autres établissements.
a ensuite précisé que les conclusions de la Cour des comptes sur OSEO-ANVAR seraient bientôt disponibles. Il a estimé que le fonctionnement d'OSEO-ANVAR était désormais satisfaisant compte tenu, en particulier, de la nomination d'une nouvelle équipe dirigeante et de la prise en compte des problèmes financiers. Il a ajouté que l'agence bénéficiait d'une bonne reconnaissance auprès des petites et moyennes entreprises (PME), et que le projet de budget pour 2007 octroyait 40 millions d'euros supplémentaires à la politique d'innovation en faveur des PME.