En réponse, M. François Goulard a expliqué qu'en matière d'orientation des étudiants, les mesures proposées essayaient de faire face de manière pragmatique au taux d'échec important constaté lors de la première année d'études. Il a partagé l'avis du rapporteur pour avis selon lequel une meilleure information devait être dispensée auprès des étudiants, et que des études plus approfondies devaient être engagées afin de connaître le cursus de formation des étudiants, leurs débouchés professionnels, ainsi que l'adéquation entre leurs études et leur emploi. Il a ajouté que cela représentait un « travail de longue haleine » nécessitant de la patience quant aux résultats, le portail internet du gouvernement concernant l'orientation n'ayant été mis en place, par exemple, qu'en mai dernier.
S'agissant de l'autonomie des universités, M. François Goulard a estimé que ce débat était secondaire par rapport à celui de la gouvernance des universités. Il a souligné, notamment, les caractéristiques des instances dirigeantes des universités, qui ne permettaient ni une continuité dans la gestion des universités, ni la mise en place d'une véritable politique par la présidence (conseils d'administration pléthoriques, mandat quinquennal des présidents...). Il a comparé la situation des universités avec les écoles qui avaient créé des postes de directeurs, et spécialisé les fonctions, mesures que ne permettait pas actuellement le statut des universités.
a abordé ensuite la question de la valorisation de la recherche en expliquant que s'il y avait, certes, des problèmes d'organisation, il existait également des freins culturels. Il a toutefois estimé que la situation évoluait, et a mentionné, à cet égard, l'appel à projets de l'ANR concernant la mutualisation des services de valorisation. Il a également donné l'exemple de l'Institut d'optique, dont 30 % des étudiants suivaient des modules de sensibilisation à la création d'entreprise, en soulignant qu'il était désormais acquis que les formations supérieures devaient en priorité préparer les étudiants à un emploi. Il a estimé, enfin, que si, en matière de valorisation, le mouvement était plus faible que celui que l'on pouvait observer à l'étranger, il n'en était pas pour autant absent de notre territoire.