En réponse à M. Pierre Bernard-Reymond, M. Guillaume Pepy a réaffirmé qu'il n'est pas envisageable de supprimer les trains d'aménagement du territoire, citant l'exemple de la ligne Marseille-Briançon dont la modernisation relève de la compétence de réseau ferré de France (RFF), car le désenclavement et le développement économique de régions entières en dépendent. La question de leur financement demeure un sujet fondamental qui ne peut être résolu qu'en mettant à contribution de nouvelles ressources (la taxe professionnelle ou la taxe carbone par exemple) dans un contexte de restriction budgétaire pour l'Etat, les régions et la SNCF. C'est pourquoi, il a appelé à ce que des contrats de service public soient conclus pour assurer la pérennité des trains d'aménagement du territoire.