En ce qui concerne les dispositions relatives à la biodiversité, M. Jean-Jack Queyranne a souhaité, à l'article 45 (trames verte et bleue), un renforcement de la compétence du président du conseil régional ainsi que la reconnaissance du rôle des parcs naturels régionaux et l'attribution aux régions d'une part de la taxe sur les espaces naturels sensibles. A l'article 51, relatif aux zones humides, les conservatoires devraient pouvoir bénéficier d'agréments sécurisant les politiques qu'ils conduisent et le nombre des bénéficiaires des aides des agences de l'eau pour l'acquisition de zones humides ne devrait pas être réduit.
En matière de gouvernance, il a souhaité le maintien du droit actuel en ce qui concerne les réserves naturelles régionales qui peuvent être classées sans recourir à une enquête publique, s'il y a accord des propriétaires et titulaires de droits réels concernés.