A l'article 20 (objectifs de préservation de la biodiversité), après des interventions de MM. Charles Revet, Paul Raoult, Daniel Dubois, Dominique Braye et Louis Nègre, la commission a adopté un amendement de clarification et de simplification.
A l'article 21 (élaboration de la trame verte et bleue), elle a adopté un amendement de clarification.
A l'article 22 (amélioration de la connaissance dans le domaine de la biodiversité), elle a adopté un amendement visant à clarifier et regrouper les dispositions relatives à la connaissance de la biodiversité.
A l'article 23 bis (déclaration de ruches obligatoire), elle a adopté un amendement tendant à regrouper l'ensemble des dispositions concernant la filière apicole, actuellement dispersées entre ledit article, l'article 23 ter et l'article 28.
Par cohérence, elle a supprimé l'article 23 ter (mise en place d'une interprofession de la filière apicole).
A l'article 24 (objectifs de la gestion de l'eau), la commission a adopté deux amendements visant respectivement à :
- faire référence aux définitions du bon état écologique ou du bon potentiel écologique des masses d'eau de la directive-cadre sur l'eau de 2000 ;
- préciser que les plans d'action pour protéger les cinq cents captages les plus menacés devront être mis en oeuvre et non simplement définis d'ici 2012.
Puis la commission a adopté un amendement de suppression de l'article 25 bis (bon état écologique des masses d'eau).
A l'article 28 (agriculture durable), elle a adopté sept amendements tendant à :
- regrouper et clarifier les dispositions concernant la politique génétique des semences ;
- rassembler et simplifier les dispositions concernant la maîtrise énergétique des exploitations ;
- donner pour mission à l'Etat de favoriser par tout moyen la valorisation des effluents organiques d'élevage comme engrais naturel ;
- favoriser d'égales conditions de concurrence entre produits agricoles français et produits agricoles importés du point de vue des exigences environnementales de production ;
- prévoir que le rapport prévu à l'article 1er du projet de loi par un autre amendement comporte une étude sur l'impact des mesures dudit projet sur le secteur agricole.
A l'article 29 (développement durable de la filière forêt-bois), outre une amélioration rédactionnelle, la commission a précisé que l'utilisation de bois issu de forêts gérées de manière durable dans les constructions publiques à partir de 2010 n'est possible qu'« à défaut » de celle de bois certifié et elle a supprimé le terme « exclusivement » se rapportant à l'usage de ce dernier, l'offre en la matière étant insuffisante aujourd'hui pour satisfaire la demande.
A l'article 34 (réduction de l'exposition aux substances préoccupantes en milieu professionnel), la commission a adopté un amendement tendant à expérimenter, en concertation avec les partenaires sociaux dans des secteurs professionnels ou zones géographiques déterminés, un dispositif visant à assurer un meilleur suivi des salariés aux expositions de substances préoccupantes en milieu professionnel ;
A l'article 35 (lutte contre la pollution de l'air intérieur et extérieur), outre un amendement de clarification, la commission a adopté un amendement visant à allonger le délai pour l'étude de l'Etat sur la nécessité d'étendre l'étiquetage obligatoire à d'autres catégories de produits de grande consommation.