De nombreuses observations du comité d'évaluation recoupent les questionnements de la commission des affaires sociales et du groupe socialiste, exprimés lors des débats d'il y a un an sur la loi HPST. En qualifiant le conseil de surveillance d'organisme « croupion », l'opposition au Sénat montrait bien quel était le risque ; seule la présence d'élus est une garantie pour éviter les débordements ; l'approbation du budget et du plan d'investissement était aussi une nécessité. On assiste aujourd'hui à une étatisation insidieuse des établissements et à une mutation réelle des structures hospitalières. Il aurait mieux valu faire des élus des alliés et des partenaires plutôt que des adversaires.
Sur la gouvernance interne des hôpitaux, il n'y a pas de raison que les relations entre le directeur et le président de la CME qui étaient bonnes hier ne le soient plus demain car chacune de ces deux autorités découle d'une légitimité différente. En revanche, la question de la nomination des chefs de pôle pose problème car la loi confère au chef de pôle une légitimité provenant exclusivement du directeur, ce qui pourrait entraîner des conflits avec le corps médical et même le président de la CME ; cette source de fragilité pourrait au final avoir un impact sur la qualité des soins.
Sur les coopérations entre établissements, les risques pourront être écartés si chaque acteur garde la mesure de ses responsabilités, si les rapports sont équilibrés entre les différents partenaires ; à l'inverse, si l'un des établissements décide d'adopter une position dominante, les élus et les populations ne pourront que rejeter le projet. Le mouvement actuel de regroupement des cliniques favorisé par les fonds d'investissement avec un autre objet que la présence équilibrée des structures sur le territoire créera des tensions inévitables. Les relations actuelles entre les fédérations hospitalière de France (FHF) et de l'hospitalisation privée (FHP) sont peu propices à la création d'un bon climat dans ce domaine. C'est avant tout un problème de logique et de culture alors même que l'on souhaite appréhender d'une nouvelle manière les missions de service public de l'hôpital.