Après avoir indiqué qu'il n'avait pas de lien d'intérêt, en dehors d'invitations à des congrès qu'il avait déclarées, M. Christian Perronne s'est félicité que les travaux de la commission d'enquête soient l'occasion d'un « retour d'expérience » sur la pandémie grippale. Il a rappelé qu'il était professeur en maladies infectieuses, qu'il avait siégé depuis 1997 au Conseil supérieur d'hygiène publique (CSHP) où il avait pris en 2001 la présidence de la section maladies transmissibles. Il était alors également en charge du comité technique des vaccinations (CTV). Après la création du Haut Conseil de la santé publique, il a été élu en 2007 président de sa commission spécialisée maladies transmissibles et a alors démissionné de la présidence du CTV. Avant la pandémie, il avait donc eu à connaître de différents problèmes aigus - bioterrorisme, épidémies de méningite et de SRAS - touchant aux maladies infectieuses ou concernant la politique vaccinale.
Il a souligné que les problèmes de conflits d'intérêt étaient également depuis longtemps pris en compte dans le cadre du CHSP, puis du HCSP et de leurs commissions ainsi que du CTV. Il a notamment rappelé qu'avec d'autres il avait travaillé sur ces questions à l'époque du CHSP, notamment en étudiant les solutions retenues en ce domaine par l'instance britannique homologue. Cela a conduit, par exemple, à systématiser les déclarations périodiques d'intérêt. M. Christian Perronne a précisé qu'au début de chaque séance du Conseil supérieur d'hygiène publique, comme du Haut Conseil à présent, les membres étaient invités à signaler leurs éventuels conflits d'intérêt sur les sujets inscrits à l'ordre du jour. En s'inspirant de la grille de l'AFSSAPS, une distinction est faite entre les conflits majeurs et les conflits mineurs, les premiers justifiant une abstention lors de la délibération finale et du vote.
En outre, il avait voulu que le comité des vaccinations ne comprenne pas uniquement des pédiatres mais s'ouvre à des sociologues, des juristes, des économistes de la santé, des généralistes, des sages-femmes. Ceux qui voudraient dissimuler des conflits d'intérêt seraient donc, en tout état de cause, minoritaires. L'organisation « en étages » du HCSP, de ses commissions spécialisées et du CTV va dans le même sens.
On ne peut d'ailleurs reprocher à ces structures d'avoir fait preuve d'une quelconque souplesse vis-à-vis de l'industrie pharmaceutique, au contraire : elles ont été plus circonspectes, quand il s'est agi de recommander certains vaccins, tels le vaccin contre le pneumocoque des nourrissons ou les vaccins contre le zona, la varicelle ou le rotavirus, que l'agence européenne du médicament ou l'administration américaine. Ainsi, le CTV n'a pas la réputation d'être très perméable aux voeux des industries.
Il a douté de l'existence d'un complot de l'industrie à propos de la pandémie grippale : les industriels sont plus intéressés par les vaccins pérennes, vendus en grandes quantités pendant dix ou quinze ans, que par un vaccin destiné à faire face à une crise ponctuelle - situation difficile à gérer aussi au sein des laboratoires. Les industriels sont des gens sérieux, et produisent des vaccins de bonne qualité. Cependant, les firmes n'ont pas une vocation philanthropique, c'est pourquoi elles avaient demandé des subventions de production car leur fonctionnement habituel était bouleversé ; elles avaient aussi exercé des pressions pour modifier les cibles de la recommandation vaccinale saisonnière afin d'augmenter leurs capacités de production. Ainsi, elles avaient souhaité abaisser de 65 à 55 ans l'âge des cibles prioritaires et elles avaient officiellement demandé que tous les enfants soient vaccinés : cette extension n'avait pas paru justifiée et avait fait l'objet d'un avis défavorable.