L'Acoss gère des besoins de trésorerie au jour le jour qui la conduisent parfois à mobiliser des sommes considérables dans des délais très brefs. Une limitation intangible du plafond des ressources non permanentes risquerait de rendre insuffisants les moyens disponibles pour faire face à des besoins ponctuels.
Le plafond d'émission de billets de trésorerie par l'Acoss a été porté à 25 milliards, mais une partie de ces émissions est faite à destination d'acteurs publics, de sorte que les émissions sur le marché des billets de trésorerie proprement dit sont limitées à 15 milliards. Les billets émis par l'Acoss représentent 25 % de ce marché environ. Le maintien d'une relation équilibrée avec la Caisse des dépôts apporte une plus grande sécurité à l'Acoss que ses autres modes de financement, notamment lorsqu'il est nécessaire de mobiliser rapidement des sommes considérables, par exemple pour assurer le paiement des pensions.
Plusieurs mesures sont mises en oeuvre pour remédier aux anomalies constatées dans le recensement des cotisations et contributions des travailleurs indépendants : traitement des situations d'urgence, éventuellement par des interventions manuelles ; renforcement des moyens des caisses, notamment en termes d'accueil téléphonique ; mise en place, avec les administrateurs et les experts-comptables, de dispositifs de priorisation en fonction des urgences constatées. Certains processus sont par eux-mêmes à la source d'erreurs et doivent donc être améliorés. Ainsi, lors de l'affiliation, plusieurs structures sont susceptibles de classer les cotisants dans une catégorie, ce qui peut conduire à des classements différents. A partir du 1er janvier 2012, sera mis en place un point unique de pré-instruction pour éviter ces classements différents. Les caisses travaillent également sur la question des systèmes informatiques. L'Isu implique en effet de faire fonctionner ensemble deux systèmes d'information très différents. Pour l'avenir, une base de données partagée sera mise en place.