La question des clans est très complexe. Pour schématiser, il existe cinq confédérations claniques, qui réunissent des clans eux-mêmes divisés en sous-clans.
La première confédération est celle des Darood, qui représentent 20 % de la population. Elle est divisée en deux branches, tout d'abord la branche Harti/Majerteen, qui occupe toute la zone du Puntland. Cette homogénéité clanique a donc contribué à l'émergence d'un régime autonome au Puntland. Cette branche est importante également puisque c'est le clan dont sont issus les descendants du fondateur du peuple somali. La deuxième branche est celle des Ogaden.
Les Darood sont confrontés à l'autre grande confédération clanique, les Hawiye. Nombre d'affrontements, ayant eu lieu dans les années 1990, opposaient ces deux clans. Ils occupent la partie entre Mogadiscio et le Puntland. Ils sont l'archétype des nomades indépendants qui vivent sur des terres désolées, avec leur bétail.
Une troisième confédération est celle des Dir, majoritaire à Djibouti (Dir/Issa) et dans les provinces frontalières. Ils ont su se préserver du conflit somalien.
Une quatrième confédération est celle des Issak. Ils constituent le clan majoritaire du Somaliland, situés au nord, donc excentrés du jeu somalien et de la bataille du sud, d'autant plus qu'ils ont créé leur entité indépendante.
Enfin, la dernière confédération est celle des Sab. C'est une confédération particulière, qui s'est créée à partir des « parias » des divers clans, regroupés entre les deux fleuves situés près de Mogadiscio. Ils se livrent à l'agriculture et détiennent les richesses, de ce fait sont l'objet d'attaques des autres confédérations claniques. C'est dans cette région, appelée Mésopotamie somalienne, que se concentrent les conflits.