La piraterie fait peser deux types de menaces. La menace actuelle et immédiate est une menace financière qui pèse essentiellement sur les compagnies d'assurance et les armateurs. C'est un problème qui a fait augmenter les coûts du commerce maritime mondial. En réponse, l'opération Atalante a été montée, et est une réussite de la politique de sécurité et de défense commune. Mais la plus grande des menaces est, à moyen terme, la jonction potentielle entre les pirates et les islamistes. Si la réalité de cette jonction n'a encore été confirmée par aucune administration, on a néanmoins entendu parler d'une forme de collusion entre certains groupes de pirates et certains islamistes. Aucune coopération opérationnelle n'est avérée, mais dans le doute, les opérations navales de lutte contre la piraterie sont en effet un moyen d'assurer une présence internationale dans la région.