Après avoir rappelé les objectifs prioritaires du projet de loi, M. André Flajolet, rapporteur pour l'Assemblée nationale, a estimé que l'instauration d'un fonds départemental était une mauvaise réponse à la question essentielle de la gouvernance. Celle-ci suppose une unité de direction tout en respectant une nécessaire proximité à laquelle répondent d'une part les conventions entre les agences de l'eau et les départements et, d'autre part, la reconnaissance des commissions géographiques, au sein du comité de bassin. Par ailleurs, les élus siégeant au sein des agences de l'eau seront à même de prendre des décisions identiques à celles qu'ils devraient prendre dans les assemblées départementales. Enfin, il ne paraît pas souhaitable de multiplier les taxes et les différents niveaux d'intervention, ce qui aurait pour effet de rendre peu lisible l'action publique dans le domaine de l'eau.