Certes, le site de Balard, comme l'îlot Saint-Germain, se trouve en zone inondable. Cependant, on parle d'une crue analogue à celle de 1910, par définition exceptionnelle. Ensuite, comme dans le cas de l'îlot Saint-Germain, également situé en zone inondable, une certaine protection du site est possible. Enfin, le ministère de la défense dispose d'autres centres de commandement, comme celui du Mont Valérien.