- s'agissant du risque disciplinaire, Mme Valérie Pécresse, ministre de l'enseignement supérieur et de la recherche, a jugé qu'il serait atténué, d'une part, par le léger élargissement du conseil d'administration qu'elle avait accepté d'introduire dans le présent projet de loi, et d'autre part, par la proposition du rapporteur visant à imposer des critères de représentation des disciplines dans les listes se présentant au conseil d'administration, à laquelle elle est favorable ;
- concernant le risque « clanique », elle a estimé que la présence de représentants de plusieurs disciplines, le rôle du président porteur de projet et l'introduction de la prime majoritaire, qui crée les conditions d'une véritable alternance, étaient de nature à le réduire fortement ;
- les réseaux thématiques de recherche avancée s'inscrivent complètement dans la logique du projet de loi et les fondations de coopération scientifique ne pourront pas être concurrencées par les fondations issues du présent texte ;
- sur la question de la participation des personnalités qualifiées à l'élection du président, Mme Valérie Pécresse, ministre de l'enseignement supérieur et de la recherche, ne s'est pas déclarée par principe hostile, mais s'est interrogée sur la faisabilité d'un tel dispositif et particulièrement sur la question initiale de l'autorité de désignation. Car il ne s'agit évidement pas de permettre aux présidents sortant de fausser les conditions de désignations du président lors des élections ultérieures.