La question des arbitrages sur l'usage de ce patrimoine et de leur clarté n'est pas anodine. Il y a une extrême inégalité historique entre établissements en la matière. Or le manque de connaissance de ce patrimoine peut conduire à accorder des subventions publiques importantes à des établissements qui disposent, par ailleurs, d'un patrimoine cessible (des forêts, des vignes,...). Ce manque de clarté entraîne un mauvais usage des finances publiques.
Les baux emphytéotiques constituent également un enjeu important. Certains établissements, comme l'AP-HP, y ont recours. Ce ne sont pas des opérations faciles à monter dans le temps. Par ailleurs, chaque cas est particulier.