Pour ces territoires, c'est dans l'Océan indien que la situation est la moins bien fixée. La délimitation est faite avec Madagascar et Maurice. Tromelin a fait l'objet d'un accord de cogestion avec Maurice ; la zone économique exclusive existe même si la délimitation n'est pas faite. Le Shom vient seulement de produire des cartes qui doivent être déposées aux Nations Unies.
À Mayotte, le changement de statut a conduit à revoir la délimitation de la zone, en tenant compte du futur parc naturel marin.