Les critères permettant la non-application des pénalités sont établis en lien avec les préfectures et il sera tenu compte de la bonne foi des communes ; il s'agit là d'un principe essentiel.
Ainsi, la fin de conventionnement d'un patrimoine important ou le blocage d'une opération pendant plusieurs années pour cause de fouilles archéologiques entrent parfaitement dans le cadre d'une situation exceptionnelle et justifient la mise en place d'un dispositif de rattrapage.