Les crédits de paiement de la mission outre-mer ont crû sensiblement, de 17,7 % entre 2008 et 2010, afin d'assurer, notamment, un meilleur remboursement aux organismes de sécurité sociale des exonérations de charges sociales spécifiques à l'outre-mer, de permettre la montée en puissance du service militaire adapté ou encore du fait de la création du Fonds exceptionnel d'investissement, dans le cadre du plan de relance de 2009.
Depuis 2010, la mission a vu ses crédits stabilisés. A périmètre courant, ils n'ont progressé, entre 2010 et 2013, que de 1 % en crédits de paiement et de 0,8 % en autorisations d'engagement. Ce projet de loi de finances prévoit, à périmètre courant, une hausse des moyens de la mission de 3,4 % en autorisations d'engagement et de 3,8 % en crédits de paiement. Ils atteignent ainsi 2,19 milliards d'euros en autorisations d'engagements et 2,04 milliards en crédits de paiement.
Cependant, deux modifications affectent cette année le périmètre de la mission : une action « Pilotage des politiques des outre-mer », dotée de 2,9 millions d'euros, est créée sur le programme 138 et les crédits de l'agence de santé de Wallis-et-Futuna, qui s'élevaient à 25 millions l'an passé, sont transférés du programme 123 « Conditions de vie outre-mer » à la mission « Santé ».