D’aucuns regretteront que certaines autorités n’aient pas été incluses dans le périmètre de la loi organique, comme l’Agence française de sécurité sanitaire des aliments, l’Agence française de sécurité sanitaire des produits de santé, la Commission consultative du secret de la défense nationale ou la Commission nationale de contrôle des interceptions de sécurité. S’agissant de ces deux dernières autorités, elles disposent déjà d’un mode de nomination spécifique, destiné à renforcer les garanties entourant les nominations et se conciliant très bien avec la spécificité de leur champ de compétences particulièrement sensible.