La mise en oeuvre de la taxe est plus délicate. Le dispositif initial était excessivement complexe, et les entreprises ne s'y retrouvaient pas. Le nouveau mécanisme a le mérite de la clarté, même s'il n'est pas totalement exempt d'inconvénients. Il faut distinguer deux choses : d'une part, l'écotaxe proprement dite, payée par les transporteurs français et étrangers au réel, en fonction des kilomètres parcourus sur les voies taxables, d'autre part, le mécanisme de répercussion de la taxe sur les donneurs d'ordre, de nature forfaitaire.