L'amendement n° COM-54 conforte l'indépendance fonctionnelle de la CNCTR, à l'instar d'autres autorités indépendantes. Ses crédits budgétaires relèveraient du budget des services du Premier ministre, le président désignerait lui-même le secrétaire général et la commission pourrait recruter des contractuels, notamment pour les fonctions spécialisées qui requièrent une expertise particulière. Le personnel de la CNCTR serait placé sous la seule autorité de son président.