La règlementation européenne a été initiée en 1991 par la directive n° 91-414 et les évaluations ont commencé à être réalisées en 1993. En 1993, l'Union européenne nous a donné dix ans pour réévaluer les 725 substances actives qui étaient alors autorisées dans les États membres - ils étaient douze à l'époque. Cette opération a pris en réalité vingt ans et a conduit au retrait de près de 500 substances actives du marché européen. Des 70 types d'organophosphorés alors présents sur ce marché, il n'en reste plus qu'une dizaine, et d'autres familles de produits ont complètement disparu.
Contrairement à l'appréciation de certains organismes, les évaluations européennes n'ont donc pas été forcément favorables aux produits phytosanitaires. En revanche, l'harmonisation des lignes directrices en matière d'évaluation des pesticides a eu une conséquence : on a vu arriver sur le marché à partir des années 2000 de nouvelles molécules au profil toxicologique bien moins problématique, ce qui explique le faible nombre de refus sur les nouvelles substances actives. L'EFSA est saisie en moyenne par an d'une dizaine de dossiers pour de nouvelles substances actives.