Afin d'être plus efficace, Eurojust a mis en place des méthodes de travail mieux adaptées en réduisant à dix le nombre de réunions administratives du collège. L'objectif est de tenir au maximum six réunions administratives par an. Il y a un risque à avoir deux niveaux de gestion : d'un côté, un Conseil exécutif avec un représentant de la Commission qui ne pourra pas être présent à plein temps, et de l'autre côté, le collège d'Eurojust. Il est difficile de dissocier le travail opérationnel des questions administratives. Il faut institutionnaliser la présidence d'Eurojust mais ne pas intégrer une représentation extérieure au sein du collège.