La commission nationale de la CNDP compte 25 membres permanents. Sur les débats particuliers sont nommés des présidents de commissions particulières, avec des équipes dédiées, et des garants. Cette assemblée de 25 membres se réunit chaque mois et prend les décisions : elle arbitre sur la nomination des présidents de commissions particulières, les équipes qui l'entourent, l'état d'avancement des dossiers, le lancement des débats et la validation de leurs modalités. Le président présente les candidats à la présidence des commissions particulières, fait en sorte que les dossiers soumis soient le plus complet possible. Il veille donc au respect de l'ensemble des règles de la CNDP.
Il a également un rôle dans le fonctionnement interne de la CNDP : il nomme les membres permanents, et assure le budget. Le secrétaire général, en lien avec le président, assure le fonctionnement interne, notamment la rédaction des marchés publics.
Pour des raisons déontologiques, le président ne peut présider des commissions particulières, mais lorsque la CNDP organise le débat avant de décider de projets, il vérifie que tous les éléments d'information sont réunis.