Certes, le CITE coûte cher : 1,9 milliard d'euros. Le Premier ministre a aussi critiqué le fait que ses bénéficiaires n'étaient pas forcément les plus modestes. L'Anah, qui a connu des périodes difficiles en matière de financement, s'est vu fixer l'objectif de traiter 75 000 dossiers par an. La Cour des comptes, saisie dans le cadre de l'article 58 paragraphe 2 de la LOLF, a pointé le risque que l'exigence de quantité l'emporte sur celle de qualité des dossiers. Les sommes affectées au CITE seront-elles intégralement transférées sur un autre dispositif - que l'Anah ou un autre acteur pourrait prendre en charge ? Les annonces du Premier ministre sur ce sujet n'ont pas été très claires. S'oriente-t-on vers une autre logique, plus axée sur les résultats ?