Un projet d'une telle envergure, qui impacte fortement la communauté scientifique et les populations, ne peut réussir sans que soient étroitement associés dans un véritable co-pilotage l'État et les élus locaux. L'objet principal de l'établissement public étant celui d'un établissement public d’aménagement, il convient de reprendre les règles communément retenues pour ce type d’établissements, en prévoyant une représentation prépondérante des élus locaux.