Le contrôle qui doit être effectué doit s'entendre comme un contrôle de la légalité des opérations et suppose que les questions de droit des sociétés, mais aussi de droit social, aient été validées. Une telle limitation des autorités capables de vérifier la légalité d'une création de société européenne par transfert de siège semble risquée, au vu de l'étendue des compétences qu'il sera nécessaire d'avoir pour contrôler des aspects très techniques.
De plus, la création d'une société européenne par fusion implique la désignation d'un expert indépendant par les représentants des salariés concernés et cet expert a vocation à se prononcer sur la légalité de la fusion au regard de la participation des salariés dans la société européenne, faute de quoi la société européenne ne peut être immatriculée.