La commission a été sensible aux inquiétudes exprimées par certaines des personnes auditionnées concernant le risque d'un renforcement des pouvoirs des organes de direction des universités. Ces personnes craignent des dérives dont des membres du personnel, voire des étudiants auraient à souffrir. En fait, elles redoutent les abus de pouvoir.
La commission rappelle que le recteur devra présenter un rapport annuel sur la légalité des actes de l'université.
En outre, le médiateur de l'éducation nationale, dont la nomination et les missions sont prévues aux articles D. 222-37 et suivants du code de l'éducation, a également compétence en matière d'enseignement supérieur. Il en est de même des médiateurs académiques et de leurs correspondants. Toutefois, le titre même de ce médiateur le laisse insuffisamment supposer et son rôle mérite d'être mieux reconnu et connu des personnels et étudiants susceptibles d'y avoir recours.