En cas de cessation ou de cession totale de l'exploitation agricole, l'excédent de bénéfice agricole sur la moyenne triennale est imposé au taux marginal d'imposition applicable au revenu global du contribuable, déterminé en tenant compte de cette moyenne.
Sur ce point, la doctrine administrative a d'ailleurs précisé que ce principe était également applicable en cas de décès de l'exploitant, de transmission à titre gratuit ou onéreux, ou bien d'apport en société de l'exploitation
Néanmoins, la position de l'administration fiscale a été partiellement remise en cause par la jurisprudence. Dans un arrêt en date du 12 novembre 2007, la cour administrative d’appel de Nantes a considéré que l'imposition au taux marginal ne trouvait à s'appliquer que lorsque la cession ou la cessation n'avait pas pour effet de priver le contribuable de la qualité de titulaire de bénéfices agricoles.