Concernant les systèmes d'information des universités, Mme Valérie Pécresse a souligné que cet élément a été un point essentiel des audits qui ont précédé le passage à l'autonomie des universités, la loi LRU faisant obligation aux établissements de mettre en place un outil de contrôle de gestion et d'aide à la décision de nature à leur permettre d'assumer l'ensemble de leurs missions, compétences et responsabilités ainsi que d'assurer le suivi des contrats pluriannuels d'établissement. L'autonomie des universités devant être respectée dans le choix des logiciels, le développement des systèmes d'information s'organise notamment grâce à l'Agence de mutualisation des universités et des établissements (AMUE), dorénavant intégrée à la Conférence des présidents d'université. La rénovation des systèmes d'information concerne aussi bien les ressources humaines que la comptabilité analytique et la gestion financière, les universités passant aux compétences élargies devant notamment adopter la paie à façon afin de suivre la masse salariale selon les mêmes modalités que l'Etat.
S'agissant enfin de la mise en oeuvre du plan Licence, la ministre a souligné qu'il était encore trop tôt pour apprécier son impact.