D'autre part, M. Bernard Angels, rapporteur spécial, a signalé que le système d'information financière CHORUS poursuit, depuis 2008, sa mise en place progressive dans les ministères, pour une application généralisée prévue en 2011. Le coût global du développement de ce système est évalué à 606 millions d'euros. L'un de ses enjeux est de fiabiliser la comptabilité de l'Etat, alors que la Cour des comptes a émis une réserve, sur ce point, à l'occasion de ses rapports de certification des comptes de l'Etat.
Dans le contexte des changements importants que met ainsi en oeuvre le ministère du budget, des comptes publics, de la fonction publique et de la réforme de l'Etat, M. Bernard Angels, rapporteur spécial, a appelé à la vigilance en ce qui concerne le « climat social » de ce ministère. Il a attiré l'attention sur la hausse sensible du taux d'absentéisme constaté en 2008, comme en 2007 déjà, en particulier en ce qui concerne les jours de congés de maladie. Il a craint que cette situation reflète un sentiment de fragilisation des agents de l'administration fiscale, dont il a souligné les qualités professionnelles et, notamment, les facultés d'adaptation au caractère mouvant de la législation.