Puis la commission a examiné en discussion commune deux amendements respectivement présentés par MM. Thierry Repentin et Daniel Dubois tendant à repousser à l'année 2011 l'entrée en vigueur du prélèvement sur les bailleurs sociaux investissant peu. M. Dominique Braye, rapporteur pour le Sénat, a considéré qu'une incitation des bailleurs à construire devait être maintenue et M. Michel Piron, rapporteur pour l'Assemblée nationale, a estimé qu'afin de ménager une transition, en 2010, le prélèvement serait calculé de la manière la plus favorable pour les bailleurs, soit en tenant compte de la moyenne des deux années 2008 et 2009, soit en tenant compte de la seule année 2009. Suivant l'avis défavorable des rapporteurs, la commission a rejeté les deux amendements.
Puis, sur l'avis défavorable des rapporteurs, elle a rejeté un amendement présenté par M. Thierry Repentin tendant à supprimer l'alinéa 6 de l'article, prévoyant une pénalité pour les organismes qui ne communiqueraient pas les informations nécessaires à l'application du dispositif.
Suivant l'avis favorable de M. Michel Piron, rapporteur pour l'Assemblée nationale, la commission a adopté un amendement de M. Dominique Braye, rapporteur pour le Sénat, rétablissant cet alinéa dans la rédaction du Sénat, afin qu'il soit précisé que c'est à la demande de la Caisse de garantie du logement locatif social que les organismes transmettent les informations précitées.
Elle a ensuite adopté un amendement de coordination présenté par les rapporteurs, tendant à ne pas codifier des dispositions n'ayant qu'une portée transitoire.
Elle a ensuite adopté l'article 2 ainsi modifié.
A l'article 2 bis (nouveau) (Versement de 30 millions d'euros par an à l'ANRU), la commission a rejeté un amendement de suppression présenté par M. Thierry Repentin après que les rapporteurs ont émis un avis défavorable. Elle a ensuite adopté un amendement de coordination rédactionnelle des rapporteurs, puis l'article 2 bis ainsi modifié.
A l'article 2 ter (nouveau) (Prolongation jusqu'en 2014 de l'extension de 15 à 25 ans d'exonération de taxe foncière sur les propriétés bâties pour la construction de logements sociaux), la commission a examiné un amendement de suppression de l'article présenté par les rapporteurs. M. Dominique Braye, rapporteur pour le Sénat, a indiqué qu'il était nécessaire d'attendre une nouvelle prorogation du plan de cohésion sociale avant de prolonger l'extension de 15 à 25 ans d'exonération de taxe foncière jusqu'en 2014 comme le prévoit l'article 2 ter. La commission a rejeté l'amendement et a adopté l'article 2 ter dans la rédaction de l'Assemblée nationale.
Elle a ensuite adopté dans la rédaction de l'Assemblée nationale l'article 2 quater (nouveau) (Programmation de 12 milliards d'euros pour le PNRU).
A l'article 3 (Réforme de la gouvernance du 1 % logement), la commission a adopté un amendement rédactionnel présenté par les rapporteurs.
Elle a ensuite examiné un amendement présenté par M. Dominique Braye, rapporteur pour le Sénat. Celui ci a indiqué qu'il s'agissait de supprimer une disposition relative aux logements très sociaux déjà satisfaite par le texte et d'éviter qu'un monopole pour ces logements soit conféré aux organismes agréés au détriment des HLM et des SEM. Suivant l'avis favorable du rapporteur pour l'Assemblée nationale, elle a adopté l'amendement.
Puis la commission a adopté, à l'unanimité, un amendement présenté par M. Michel Piron, rapporteur pour l'Assemblée nationale, tendant à prévoir que certaines des ressources attribuées au titre de la participation des employeurs à l'effort de construction donnent lieu à contreparties, notamment sous forme de droits de réservation, après que M. Dominique Braye, rapporteur pour le Sénat, a émis un avis favorable.