Au sujet des fondations, M. François Goulard a indiqué que 13 fondations avaient été créées après les mesures de 2004, et que 8 autres étaient en cours de création, soit un total de 21. Il a déclaré que, pour ces fondations, les fonds apportés par l'Etat s'élevaient à 110 millions d'euros, l'ensemble de leur financement, en incluant la participation du secteur privé, s'élevant à 240 millions d'euros. Il a souhaité disposer, à l'avenir, d'une ligne budgétaire pour participer à la création de nouvelles fondations.
Il a ensuite expliqué que les PRES et les RTRA avaient connu un démarrage remarquable. Il a précisé qu'une commission présidée par M. Jean Dercourt, secrétaire perpétuel de l'Académie des sciences, devait, pendant l'été 2006, examiner les projets de RTRA en vue de la sélection d'une petite dizaine de réseaux à l'automne prochain, rappelant que les RTRA constituaient des regroupements de compétences d'ampleur internationale. Quant aux projets de PRES, il a observé que leur nombre important était le signe d'un besoin manifeste de création de telles structures, et que les universités en étaient souvent le moteur. Il a déclaré que les critères qui prévaudraient les concernant seraient la volonté des acteurs, ainsi que la valeur ajoutée des projets.