En réponse, M. François Goulard a qualifié l'ANR de « vraie réussite », car elle avait su, en quelques mois, lancer des appels à projets, puis sélectionner des projets et mettre en place les financements correspondants, avec un personnel de seulement 40 personnes. Au sujet du taux de succès, il a déclaré qu'il convenait d'observer un certain équilibre, un taux de réussite trop élevé manifestant un manque de sélectivité, alors qu'un taux trop faible aurait un effet décourageant à l'égard des équipes de chercheurs. Il a observé que les taux de réussite variaient considérablement selon les spécialités, allant de 11 % dans le domaine de la biodiversité à 64 % dans le domaine de la capture et du stockage du CO2.
Il a ensuite convenu avec M. Henri Revol que, seule, une part minoritaire des subventions de l'ANR se dirigeait vers les entreprises. Il a cependant souligné qu'il ne fallait pas réduire l'action partenariale dans la recherche à ces seuls financements, citant les 40 millions d'euros consacrés aux « labels Carnot » en 2006 et les 20 millions d'euros attribués au concours des jeunes entreprises innovantes.