a tout d'abord répondu aux préoccupations de Mme Annie David au sujet du crédit d'impôt recherche, confirmant que, dans le milliard d'euros de crédits supplémentaires consacrés chaque année par l'Etat à la recherche d'ici à l'année 2010, un tiers serait constitué par des dépenses fiscales. Il a estimé que le crédit d'impôt recherche avait démontré son efficacité, ne serait-ce qu'au travers de sa montée en puissance, indiquant que la dépense fiscale correspondante était passée de 486 millions d'euros en 2004, à 664 millions d'euros en 2005, le montant pour 2006 devant s'élever à 730 millions d'euros et le montant pour 2007 à 880 millions d'euros. Il a souligné que la loi de finances pour 2006 avait amélioré la conception de ce système, d'une part en renforçant l'incitation à l'embauche des jeunes chercheurs, et d'autre part en encourageant l'activité de recherche des PME au moyen du déplafonnement du recours à la sous-traitance. Puis, après avoir déclaré que le Parlement disposerait, en octobre 2006, d'un rapport précis d'évaluation du dispositif, établi conjointement par un cabinet privé et une équipe universitaire, il a conclu sur ce point en estimant que le crédit d'impôt recherche était désormais bien connu des entreprises, auxquelles il n'inspirait plus de crainte de contrôle fiscal.
Il a ensuite indiqué que les EPST n'avaient pas subi de gels de crédits au cours de l'année 2005.
Puis il a précisé que les subventions de l'ANR étaient réparties de façon équilibrée, soit environ 50 % à destination de la recherche fondamentale et également 50 % pour la recherche appliquée.
Enfin, il a reconnu des retards en matière d'immobilier universitaire, en imputant la responsabilité à l'ensemble des gouvernements successifs. Il a expliqué que 110 millions d'euros de crédits avaient été débloqués en septembre 2005 au titre des travaux de sécurité des universités, jugeant ce chiffre « satisfaisant ».