S'agissant de la recherche médicale, dont il a salué la qualité, M. Christian Gaudin, rapporteur spécial, a souligné le rôle central de l'Institut national de la santé et de la recherche médicale (INSERM), financé par le programme « Recherches scientifiques et technologiques pluridisciplinaires ». Ce programme porte aussi la subvention de l'Etat à l'Institut Pasteur, que l'Assemblée nationale a d'ailleurs augmentée de 2 millions d'euros en diminuant, à due concurrence, les crédits destinés aux avances remboursables octroyées aux industriels de l'aéronautique.
Puis il a rejoint M. Denis Badré quant à la nécessité de faire bénéficier les organismes publics de recherche de davantage de souplesse dans la gestion de leur personnel, indiquant qu'une initiative en ce sens devrait être prise, par exemple dans le cadre du projet de loi relatif à la mobilité et aux parcours professionnels dans la fonction publique.
a ensuite évoqué l'article 66, rattaché à la mission, tendant à proroger de 3 ans, soit jusqu'au 31 décembre 2011, la période pendant laquelle les projets des pôles de compétitivité peuvent être présentés. Le coût de la mesure, qui vise à traduire un engagement pris par M. Nicolas Sarkozy, Président de la République, lors d'un discours prononcé à Limoges le 26 juin 2008, s'élève à 1,5 milliard d'euros sur la période, dont 650 millions d'euros de crédits budgétaires.
Il a invité la commission à adopter cet article sans modification, d'une part, parce que la politique des pôles de compétitivité a obtenu des résultats et, d'autre part, parce que cette demande de prorogation intervient à l'issue d'une évaluation des pôles de compétitivité, qui a été réalisée par deux cabinets privés internationalement reconnus et dont les conclusions ont été rendues publiques le 18 juin 2008.