En réponse, Mme Roselyne Bachelot-Narquin, après avoir rappelé que l'indépendance de la HAS avait un fondement législatif, a déclaré que cette autorité disposait, à la fin de l'année 2006, d'une trésorerie de 48,2 millions d'euros, soit 10 mois de fonctionnement. Elle a souligné que la subvention de l'Etat à la HAS sera très réduite en 2007 (1 million d'euros) et en 2008, de façon à ramener sa trésorerie au niveau de la réserve prudentielle, c'est-à-dire à deux mois de fonctionnement.
Elle a, d'autre part, expliqué la suppression du « taux de recommandations de la Haute autorité de santé (HAS) suivies » par le fait que la DHOS n'avait pas de moyen d'action sur son évolution et par la non-corrélation entre les moyens et les résultats. Elle s'est toutefois déclarée disposée à rétablir ce taux si la commission des finances le souhaitait.